[Danrik]

После установки на флешку загрузчика GRUB4DOS, можно сделать так чтоб в корне были только файлы загрузчика и папка BootCD

Почитайте вот здесь http://greenflash.at.ua/

А если вы захотите сделать флешку Мультизагрузочной, то файлов в корне флешки не избежать.