[Dan Swano]

В логах сообщений об ошибках нет, система только что установлена, поставлено немного софта и драйверы, которые качал с сайтов производителей железа.
AVZ делал восстановление системы, результат тот же.
Пока что решил проблему так: при запуске из ключа системной автозагрузки вызывается командный файл, который с помощью taskkill прибивает explorer.exe, снова его запускает, после чего запускает программы, которые должны быть в трее. К сожалению, не всегда прокатывает, потому как во второй раз explorer совсем не обязательно нормально запустится... Смотрю уже в сторону новой переустановки системы.