Cтоит проверить компьютер на вирусы актуальным антивирусом (вполне возможно, что многие проблемы из вашего списка решатся).
ftp://ftp.drweb.com/pub/drweb/cureit/cureit.exe
4) я - эта буква в кодировке cp1251 имеет код 11111111 (8 единиц), что означает полностью заполненный байт. Такая последовательность никак не может быть "закодированным" текстом, состоящим не из одной и той же буквы. Содержимое этих файлов вы уже ничем не восстановите (есть, конечно, методы, доступные ФСБ, но не для вас).
6) откройте файл другой программой (не adobe reader), если то же самое - думаю, здесь ситуация, аналогичная с п.4., в частности можно взять бесплатный
http://www.stdutility.com/download/stduviewer.exe (кстати, он скорее всего решит и вашу проблему в п.1 - он понимает djvu).
