Warrior Frog
А собственно, зачем его отключать (первый винт)? Достаточно будет просто Линукс Установить на второй диск и сказать чтоб загрузчик ставился на этот-же второй винт. А потом в Win2K прописываем загрузку Линукса так, как описано в
http://www.plugnpray.co.uk/linux/lilo-nt/2.html или
http://linux.yaroslavl.ru/docs/setup/linux_and_nt.html
только настоятельно своетую создать загрузочную дискету, т.к. в первый раз загрузиться в Линукс не получится.