[L-Soft]

Был тут сегодня семинар налоговой и там было сказано, что лицензионный договор (который подписывается меджу поставщиком и покупателем) должен быть зарегистрирован. Но где и кем? »

Пожалуйста, дайте ссылки на нормативные документы, на семинарах это делать обязаны.
С моей т.з. есть НК, в нем прямо прописана Статья 149. Операции, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения)
В ней п.26) исключительных прав на изобретения, полезные модели, промышленные образцы, программы для электронных вычислительных машин, базы данных, топологии интегральных микросхем, секреты производства (ноу-хау), а также прав на использование указанных результатов интеллектуальной деятельности на основании лицензионного договора.
Что касается регистрации. В природе есть такой документ
ПРИКАЗ от 29 апреля 2003 г. N 64 О ПРАВИЛАХ РЕГИСТРАЦИИ ДОГОВОРОВ О ПЕРЕДАЧЕ ИСКЛЮЧИТЕЛЬНОГО ПРАВА НА ИЗОБРЕТЕНИЕ, ПОЛЕЗНУЮ МОДЕЛЬ, ПРОМЫШЛЕННЫЙ ОБРАЗЕЦ, ТОВАРНЫЙ ЗНАК, ЗНАК ОБСЛУЖИВАНИЯ, ЗАРЕГИСТРИРОВАННУЮ ТОПОЛОГИЮ ИНТЕГРАЛЬНОЙ МИКРОСХЕМЫ И ПРАВА НА ИХ ИСПОЛЬЗОВАНИЕ, ПОЛНОЙ ИЛИ ЧАСТИЧНОЙ ПЕРЕДАЧЕ ИСКЛЮЧИТЕЛЬНОГО ПРАВА НА ПРОГРАММУ ДЛЯ ЭЛЕКТРОННЫХ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫХ МАШИН И БАЗУ ДАННЫХ
Но именно исключительного права. Насколько мне известно, другого регламентирующего документа не существует.