[DVDshnik]

Скажется отрицательно.
Оседание пыли внутри системника - результат продувки большого количества пыли через системный блок. Фильтры на входе помогают слабо (в так называемых системных блоках промышленного исполнения), и их нужно очень часто чистить, иногда можно и промывать периодически.
Чтобы в системнике было мало пыли, нужно организовывать т.н. гермозону: двойные и более стенки, фильтры, кондиционеры, переодевание сотрудников в спецодежду с пропусканием через душ и т.д... Нереально для Вас, я думаю... Есть ещё простой вариант - можно поднять системный блок как можно выше от пола, поскольку количество пыли с ростом расстояния от уровня пола экспоненциально уменьшается.