[lebon]

Есть только наивное предположение ...
У The Bat! есть две реализации цифровой подписи - "родная" и через Microsoft CryptoAPI. Есть смысл проверить каждую из них.
Еще есть опция на подобии "помнить связи e-mail с сертификатами", должно быть включено, чтобы подпись успешно создавалась без участия пользователя.