[DJ Mogarych]

Всё правильно, режется по ключевым кадрам (в VirtualDub-e можно перемещаться по ним с помощью кнопочек с ключом). Иначе не получится. У сжатых файлов при смене сцены кодируется кадр целиком, а последующие кадры — как отличия от первого. Поэтому, если попытаться разрезать файл, поставив метку на неключевом кадре, то VirtualDub автоматически переместится на ключевой.
В Вашем случае можно перекодировать в формат, где все кадры закодированы отдельно, типа MJPEG или HuffYUV, и только потом можно резать, как угодно. Стоит ли тратить на это дополнительное время — решайте.