[Sham]

не воспринимает наличие двух пар кавычек »

это кавычки в VB так экранируются, но у меня сомнения по поводу

bcdedit как таковой не воспринимает »

какие кавычки ему скрипт шлеть (можеть кодировка не та или еще чего...) без стакана тут не разобраться...
Blast, попробуй чтоли WshShell.Run с параметрами указать... а если кавычки совсем убрать? Не прокатит? Пробелы замени на _

А есть ли возможность в vbs на начальном этапе выводить окно с чекбоксами »

не путай VBS и VBA