[Admiral]

вы его займете файлами, тем самым увеличив потенциальную фрагментацию диска. Или нет? »

Оговорился в термине, раздел диска. Всё теперь будет зависеть от пользователя, если его будет заполнять почти на все 100 мелкими файлами - то фрагментация будет колоссальна, а если большими - не существенна.
Я прихожу к выводу, что вот такие влияния на строк службы HDD
свободное место – минимальное воздействие, так как шпинделю не почему шуршать;
один или несколько больших файлов – проявляется нагрузка, так как приходится считывать инфу;
великое множество мелких файлов – самое пагубное влияние, так винт всё время на чём-то позиционирует.

Vadikan, я думаю, что в тематическом разделе гуру помогут установить истину с документированными фактами, а не субъективными рассуждениями.