[HLT]

Главное, что эти флешки до этого времени на этих же компах работали нормально. »

У флешек есть лимит циклов чтение/запись.
Попробуй купить за 500 рублей новую флешку и проверь на ней - если всё будет нормально, значит твои флешки просто умерли от старости.