snark, несколько упрощенный ваш батник
Код:

@ECHO off
"%ProgramFiles%\Inno Setup 5\Compil32" /cc "%1"
EXIT
Команда на запуск: script.bat имя_скрипта.iss
При предложенной вами структуре каталога указывать путь к скрипту не нужно, плюс батник обрабатывает скрипты с любым именем
Ну и для "совсем ленивых"

! В реестр добавьте след информацию:
Код:

Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CLASSES_ROOT\.iss]
@="InnoSetupScriptFile"
[HKEY_CLASSES_ROOT\InnoSetupScriptFile\shell\CompileWithInnoSetup]
@="Compile with I&nnoSetup"
[HKEY_CLASSES_ROOT\InnoSetupScriptFile\shell\CompileWithInnoSetup\command]
@="\"C:\\Program Files\\Inno Setup 5\\Compil32.exe\" /cc \"%1\""
и будете компилировать из контекстного меню.
(проверьте только путь к компилятору. он может отличаться от здешнего)