[HLT]

групповые политики также перенесутся и будут криво работать? »

Реплицируется всё. Если что-то кривое - так и реплицируется.

Так что если Вам не трудно переставить - значит, переставляйте.
Могу только порекомендовать почитать первоисточник на тему импорта/экспорта объектов AD.
Выгрузить пользователей/группы/и.т.д., переставить домен, импортировать обратно- чтоб не геморроиться с созданием учетных записей.

Хотя, если есть время и желание, лучше бы разобраться - откуда ноги растут у Вашей проблемы, да вылечить всё...
Если проблема только с политиками - может, имеет смысл с ними поковыряться?
Почитайте эту тему: [решено] GPO - Восстановление настроек по умолчанию

[добавлено:]
У Вас домен 2000 - значит вместо Dcgpofix, который только для w2k3, будете использовать RecreateDefpol