[HLT]

-когда делаешь пинг из сети филиала на комп в офисе по имени компа без полного FQDN имени то пинг не идет а если полность с доменным суфиксом то все гуд....ЭТО ТАК И ДОЛЖНО БЫТЬ? »

Да. к имени машины добавляется основной ДНС суффикс.
т.к. машина в другом домене (и, соответственно, в другой зоне) - надо использовать FQDN
Второй вариант - прописать в зоне 1го домена CNAME'ы для компов из 2го домена, и наоборот.
Например, в зоне DOMAIN1.LOCAL пописываем CNAME COMP54 -> COMP54.DOMAIN2.LOCAL
Тогда из 1го домена COMP54, находящийся в домене2, будет пинговаться по имени COMP54, COMP54.DOMAIN1.LOCALи COMP54.DOMAIN2.LOCAL
Но это, имхо, изврат

-при подключении серваков по ВПН в ДНС получаеться у каждого сервака по два IP адреса один который в своей сети и второй который получает при подключении по ВПН...это ТОЖЕ НАРМАЛЬНО не будет путаницы в ДНС??? »

не будет, но лучше на интерфейсах VPN отключить регистрацию в ДНС

это категарически мне нужно убрать (но в тоже время там настроено НТФС разрешения) »

Проверь разрешения на ШАРУ, не на NTFS. Добавь туда явным образом группу Domain Users из другого домена. Кстати, в NTFS-разрешениях тоже
Или вообще просто тупо добавь в Domain Users каждого домена группу Domain Users соседнего домена