Для начала, выясни - какой из разделов является активным. Некоторые файлы корневого каталога активного раздела необходимы для загрузки и удалять их нельзя. Далее выбираешь ОСь, к-я должна остаться (C или D). Редактируешь файл boot.ini активного раздела в соответствие с рекомендациями на
этой странице (хоть там и описываются обратные случаи, знание параметров этого файла тебе будет необходимо).
Перегружаешься, чтобы убедиться, что загрузочного меню больше нет и грузится именно та ОСь, к-ю ты выбрал.
В свойствах папки - закладка "Вид" устанавливаешь "Показывать все файлы и папки" и внимательно просматриваешь папки профиля (Documents and Settings\имя_пользователя) на предмет нужных данных. При их обнаружении, переносишь в любое место вне Documents and Settings. Повторяешь это для папки Program Files.
Когда полностью убедишься, что в "обреченной" ОСи больше нет ничего ценного (включая пароли), можешь удалять Documents and Settings, Program Files и Windows.