_Skaarj_,
0) Ты это... определись-ка малёхо -- или
или всё-таки
и т.д.?
1) ROOTSUPD есть смысл запускать как можно раньше. Просто, "щоб було"

-- ты ж не можешь гарантировать, что какой-то из апдейтов не подписан
новым сертификатом, только-только включенным в обновление.
Не исключено, что куча "ошибок подписи" после этого уменьшится или исчезнет.
2) Ряд софтин (тот же МедиаПлеер) может быть разных версий, при этом может быть разной
применимость апдейтов -- которая Affected Versions (или как оно там?) в статьях KB. Так что перед их установкой есть смысл делать что-то вроде
REG.EXE /QUERY bla-bla-bla /V installed_version
ну и дальше в зависимости от ответа.