[bystander]

Это зависит от задачи, которую предстоит решать. Будет ли машина набита доверху opensource'ным софтом? Или это будет какой-то Java Application Server с Ораклом? Какое железо будет использоваться? Еще важно то, кто будет администрить эти машины - то есть какой уровень знания того и другого есть у тех. персонала (что очень важно, если это система 7/24), и кто и за сколько саппорт обеспечит (если надо).
Это ж не все так просто. Реально обе системы хороши по-своему, различие - в деталях.