[Petya V4sechkin]

Из этого всего вопрос, может все-таки для большей совместимости имеет смысл включать в апдейтпак именно GDR?

Вряд ли это возможно. Если в системе будут GDR-файлы, в папке \WINDOWS\$hf_mig$ должны быть QFE-версии (это нужно для корректной установки хотфиксов). А UpdatePack изначально содержит QFE, поэтому в $hf_mig$ нет необходимости.

Другими словами, если вам хочется GDR, используйте стандартные способы интеграции. И не используйте UpdatePack (по-моему, я уже это говорил).

Есть подозрение что галочка IE пропадает именно по причине не протестированности QFE и если им об этом напишут то они выпустят фикс.

У меня противоположное предположение. Дело в том, что QFE-файлы в настоящий момент гораздо ближе к SP3, чем GDR. Предполагаю, что в SP3 галочки для IE не будет (как в Висте). Об этом я тоже говорил. Судьба такая - несколько раз повторять.