[Barracuda]

Есть вероятность что fdsik /MBR спасёт положение, вот только не помню - убивает ли он при этом таблицу разделов или нет? Вроде нет. Я туда вообще никаких загрузчиков не ставлю, потому давно не сталкивался с такой проблемой.
Надо будет ещё попробовать активным сделать раздел с Виндой, в котором NT-Loader находится.

якобы без разницы, что первое ставить

Верно, вот только как ставить? Наверняка инсталяшка спрашивала - "куда изволите загрузчик втулить?".

Или можно ли было бы "подцепить" Линукс к загрузчику 2000-го?

Легко, только загрузчик Линукса в свой раздел надо было ставить.

Кстати, а вот если бы я отключила первый винт

Как то всё сложно. Но можно и так