[Tigr]

добавил из каталога C:\Windows\Command нужные файлы (такие как Sys.com, FDisk.exe, Format.com и другие),

Они находятся в ebd.cab и при загрузке помещаются в созданный RamDrive'ом виртуальный диск.

устанавливаю, с помощью простого батника (команда Sys и копирование файлов) с этой дискетки ДОС

Он установится и так при установке винды с загрузкой с внешнего носителя.

Копирую дистрибутив устанавливаемых виндов на винчестер

Копировать можно и при внешней загрузке. Наверно, несложно иметь на загрузочном компакте с дистрибутивом (откуда еще ты его возьмешь, как не с компакта ?) файловый менеджер и другие необходимые утилиты ?

остановки из-за Emm386. Тогда в Config'e и Autoexec'e этого маленького ДОСа на диске С убираю Himem, Emm386 и все драйверы, включая мышь и CD (дистрибутив-то на винте!),

Зачем Emm386 ? Несколько лишних перезагрузок с правкой абсолютно ненужных на данном этапе конфиг. файлов - ИМХО - нерационально.