gora,
Поддержу мысль насчёт логических операций. Иногда может быть необходимо.
В принципе, на первом этапе вполне хватило бы возможности сравнить строковые значения и переменные, а также было бы здорово если бы в логических функциях можно было проверить существование файла или папки.
Учитывая строение конфигурационного файла и чтобы не заморачиваться со скобками всякими можно было бы использовать подобную форму:
Код:

IF %MyVar%="123abc"
RunProgram=...
AutoInstall=...
Shortcut=...
ENDIF