С помощью iptables:
http://forum.oszone.net/topic.cgi?fo...&start=0#0
Логи сквида проч:
http://forum.oszone.net/topic.cgi?fo...&start=0#0
PS Я сам со сквидом не работал, но вроде только HTTP трафик считается ?
А ведь есть ещё ftp, https, pop, sntp и и проч и проч.