[HLT]

Какая задача стоит? Отформатировать диск C:, оставив его загрузочным, при этом система стоит на диске D: ?
Или полностью убить всё и сделать правильно?

Я бы сделал так:
1) вытаскиваем HDD из ноутбука
2) цепляем его через переходник на IDE контроллер нормального ("большого" ) компа
3) копируем всё нужное
4) отключаем родные диски на "большом" компе, оставляем только HDD из ноутбука
5) загружаемся с системной дискеты Win98
6) убиваем все разделы, создаем 2 раздела (1й для системы, 2й для остального )
7) системный раздел форматируем под FAT32, делаем его загрузочным, системным
8) на системный раздел в корень кладем himem.sys и smartdrv.exе
9) делаем файлик config.sys со строкой device=c:\himem.sys и autoexec.bat со строкой c:\smartdrv
10) 2й раздел форматируем под FAT32, кладем на него инсталяшку XP
11) вытаскиваем хард, засовываем обратно в ноутбук
12) грузимся с харда
13) идем в каталог с инсталяшкой XP на диск D:
14) winnt /b
15) устанавливаем систему на C:

После установки:
почистить boot.ini от "предыдущей операционной системы"
удалить ненужные файлы (himem.sys, smartdrv и т.д.)
конвертнуть файловую систему в NTFS
установить дефолтовые права NTFS на системные папки

Вот и всё, пожалуй

Кстати, чтобы не думать - что и где править после установки, после загрузки с харда на ноутбуке (п.12) скопировать c:\command.com на d:\ , дать команду set comspec=d:\command.com , потом format c: /U /Q , и потом устанавливаться.

D:\command.com после установки удалить