[mky]

Ну что, это то уж давно известные грабли, по крайней мере с Lilo
Lilo работает через BIOS, BIOS нумерует все диски начиная c 0x80
и так далее. При этом 99% BIOS всегда нумеруют тот диск с которого
грузятся как 0x80. То есть если система загружена с hda, то диск
hdc имеет номер 0x82, а если BIOS заставить грузится с hdc, то hdc
станет 0x80.
Когда запускалась команда lilo, то номер диска hdc был 0x82 и с этого
диска lilo и пытается грузится.
В общем, в /etc/lilo.conf нужно прописать строки:
disk=/dev/hdc
  bios=0x80
и все должно быть нормально.