[Egen]

Он их как-то детектит и пытается каждый раз проверить на низком уровне.

к сожалению, Виндуза не проверяет диски на низком уровне. На низком уровне диск не проверяет, а только форматирует. Запрос на сканирование дика не то, что ты подумал. Просто ошибки программы, которая висела во время перегруза.

(винт - новый!).

еще не правло, что винт 100% хороший. Как раз в первую неделю эксплуатации все и вылазит!
Обрадовать могу, если винт новый - несовместимость БИОСа и размера винта бывает. Для этого есть проги на сайте производителя винта. Скачай и проверь винт.


Добавлено:

Извините, еще добавлю. Есть материнки, которые при установке джамперов на обоих винтах в положение MASTER и при подключении на один шлейф путают винты при загрузке. Сталкивался с такой проблемой один раз. Мама SOLTEK 63AV+. Правда, сразу опомнился и переставил джампер. Поэтому описать поведение ВИНДУЗы не могу - ситуация не стандандартная уж слишком!