Den47

Программа установщик обновления заменяет системные файлы, например различные библиотеки. Тем самым новый файл не содержит ошибок и уязвимостей. Для этого обновления и созданы.
После успешной замены в C:\WINDOWS\ создаются папки $NtUninstallKBXXX$ и $hf_mig$, нужные для удаления обновления. В этих папках хранится информация установки и оригинальные системные файлы, те, что были до замены.
Папки $NtUninstallKBXXX$ и $hf_mig$ (они скрытые и сжатые, могут занимать сотни мб) удалить можно. На работоспособность системы это не должно повлиять, но при этом потеряется возможность удалить обновления.

Если имеется ввиду, заменяют ли новые обновления старые. То нет. Правда иногда более новые обновления могут обновлять один и тот же системный файл, например kernel32 (по мере обнаружения новых уязвимостей в нем), в таком случае старое обновление ранее заменившее тот же файл, как бы уже не нужно, но это единичные случаи.