[Tigr]

чтобы работающая старая система на диске С не протащила бы чего-нибудь вредного

Достаточно удалить ненужные файлы и убить MBR командой FDISK /mbr (система выполнит эту команду без сообщений)

форматирую С, а потом устанавливаю на С маленький ДОС (команда Sys)

Формат, ИМХО, нужен только при переразметке диска (включая начальную) и в крайних случаях. Как избежать ненужной в данном случае команды SYS тебе написал rzd. Я всегда ставлю винду с загрузкой от компакта/дискеты; перед первой перезагрузкой установщик сам попросит вытащить носитель

Для упращения ожно сделать бат файл

На диске могут присутствовать каталоги, подлежащие удалению с другими именами - на все случаи жизни не напасешься