[DJ Mogarych]

Это не глюк.
Дело в том, что видео, закодированное в DivX и иже с ним, имеет несколько типов кадров: ключевые и неключевые. В ключевых кадрах содержится вся информация, т. е. закодирован кадр целиком. А к неключевых кадрах закодированы только отличия от предыдущего ключевого кадра, поэтому при потере ключевого кадра теряется и информация из последующих неключевых.

Соответственно, если вы отрезаете в произвольном месте, то будет чёрный экран до тех пор, пока не появится первый полный кадр, или, как у вас, VirtualDubMod перенесёт автоматически начало и конец видео к ключевым кадрам.

Для того, чтобы в VirtualDub-e перемещаться по ключевым кадрам (они отмечены буквой К в статусной строке), нужно нажимать Shift+стрелка вправо-влево, либо нажимать мышью кнопочки с изображением ключа. Вот там и устанавливайте метки отреза. Боюсь, в VirtualDub-e по-другому не получится. Насчёт других программ — не знаю, но скорее всего, то же самое.