Вы проверили поверхность диска, все чисто. Вы создали новые разделы, все удачно. После того как вы удалили разделы, вирусов и какихто ошибок файловой системы там в принципе быть то не может. Зачем ему еще повторно форматировать диск? Не вижу великого смысла. Возьмите нормальный дистрибутив Windows и установите его.
По поводу записей в смарте: не то смотрите. Смотрите значение Raw, а то что"лучшее/худшее" это не значение термодатчика, а относительное число. Можете почитать здесь:
http://ru.wikipedia.org/wiki/S.M.A.R.T. - полезно.
По поводу шума: действительно проверьте все кулера системного блока: процессор, видеокарта, блок питания. Для нахождения шумащего можно на короткое время прижать и остановить пальцем поочередно каждый из них во время работы компьютера. Кулер в блоке питания лучше просто на слух проверять
