[BlackEric]

1. У FireBird есть embedded версия.
2. Это смотря что делать: если нужны хранимки, параллельные транзакции и прочее то MySQL уже не не подходит. IMHO, конечно.
3. Если писать на Java, то можно использовать Apache Derby (Java DB).

Поскольку автор точно задачу так и не описал, то я привел FireBird лишь как пример легкой, кроссплатформенной и не требовательной СУБД с широкими возможностями.