[Kerbit]

Надо создать второй поток для этого процесса преобразования. А дальше копать в сторону синхронизации потоков. Например, можно создать mutex с помощью CreateMutex, затем в цикле обработки файлов можно попытаться захватить его и сразу отпустить функциями WaitForSingleObject и ReleaseMutex, а при нажатии на кнопку стоит просто попытаться захватить его той же WaitForSingleObject, тогда процесс преобразвания файлов остановится на своем вызове WaitForSingleObject.