[Envel]

Просто kde - это метапакет, он лишь облегчает пользователю установку KDE, выбирая наиболее часто используемые дополнения. noatun - часть пакета kdemultimedia (если не главная, то уж точно большая), поэтому они друг без друга не работают. noatun-plugins зависит от noatun (оно и логично). Чтобы сообщений не было (про удаление kde), нужно ставить его не через метапакет (sudo apt-get install kde), а последовательно указывать все необходимые пакеты (sudo apt-get install kdelibs kdebase ...).