[GifuN]

Решено. Спасибо.

Рекомендация на сайте Microsoft не помогла: в приведенных там ключах в данном случае ошибок не было.
Точные ссылки реестра для данного случая приведены Blast, правильную цитату привел и Ondey.

Вот что было у меня:
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon]
"Userinit"="C:\\WINDOWS\\system32\\userinit.exe,D:\\WINDOWS\\system32\\userinit.exe,"

Коротко о причине. Десятки раз делал параллельную установку систем в разные разделы диска, но с этим
столкнулся впервые.
Файл boot.ini:

[boot loader]
timeout=7
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional RU" /fastdetect /noguiboot /noexecute=optin
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(2)\WINDOWS="Windows Server 2003, Enterprise RU" /noguiboot /fastdetect /noexecute=optout
В обеих системах диски C и D представляли одни и те же разделы.

Сделал обновление Windows Server 2003, причем обновление проводил из самой системы без загрузки с CD.
Обновление прошло нормально, без единой ошибки, нормально прошла последняя загрузка, но обнаружил,
что произошло переименование разделов, в Windows Server 2003 первый раздел стал D, а второй С.
(файл boot.ini после обновления, понятно, не изменился, изменились только имена разделов).
Все работало как обычно, кроме автоматического открытия проводника после загрузки и того, что при установке
приложений по умолчанию предлагался путь D:\Program Files\... (хотя в Переменных среды Свойств системы
правильно был указан диск C). Причину, по которой произошло переименование разделов при обновлении,
пока не установил.