[WhitePangolin]

Ну для начала, сравнивать их несколько некорректно, если и сравнивать то нужно брать DesktopBSD 1.6 RC2

Полазив по http://www.desktopbsd.net/ никаких серьезных отличий не обнаружил... используется ядро FreeBSD 6.2 используются те же порты, правда управление ими (как и всем остальным) происходит при помощи графической оболочки (а инсталятор просто прелесть) соответственно можно сделать выводы:
1. Защита и безопасность ОС.
Равнозначны с FreeBSD, хотя использование иксов эту безопасность снижает
2. Возможности в качестве сервера(вопрос глупый, тут фряха лидер, но неужели у десктопа сильно "обрезаны" серверные возможности?)
Ядро то же самое, коллекция портов та же самая... соответственно отличий быть не должно...
3.Ваше мнение, что лучше?(обоснованно)
Лучше FreeBSD/ потомучто там ты ставишь только то что считаешь нужным и настраиваешь так как считаешь нужным, а на DesctopBSD добрые дяденьки уже понаставили и понастроили.

З.Ы. Фряха лучше, я и сам понимаю, просто Иксы у меня не встают, вот и пришлось поставить Десктоп...

Фряха она и там и там... кроме того повторюсь, используются те же порты что позволяет сделать выводы о том, что не факт, что у Вас заведутся иксы на DesctopBSD раз уж не заводятся на FreeBSD