[Vadikan]

Но ведь БАТник не может инициализировать команды под Виндой потом ее выключить

может

и продолжить выполнение этих команд.

в выключенном состоянии - нет, но после перезагрузки да, если перед ней в RunOnce прописать нужную команду или батник. Это обеспечит выполнение команд только один раз при следующем входе в систему.

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Runonce - для текущего пользователя
HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Runonce - для любого пользователя, первым вошедшего в систему.

Для импорта параметров реестра из командной строки используйте REG ADD /?