[Real Root]

Начнем хотябы с того, что надо указывать:
1) Версия NLite
2) Версия дистрибутива (подробности)
3) Что интегрировано

Теперь попытаюсь стать телепатом и ответить:

б) nLite - интегрировал темы. При первой загрузке тем нужная, но после первой перезагрузки тема опять стандартная!!! Что не так?

Это ты сам напортачил с твиками, применяемыми после первой загрузки. У меня все ОК!

г) Самосборник dotnet3 ставится оооочень долго и при этом без каких-либо индикаторов - на не новых офисных машинах жутко утомляет! Какие офисные прогри требуют .NET Framework?

Запускайте с ключем -ai (И читайте темы внимательнее, там это описано)

д) Как при исползовании nLite интегрировать(!) в дистрибутив WMP11 и WindowsDefender (которые требуют проверки подлинности) ??

Использовать аддон от Max Delete и прочитать всю тему (по аддону). Про дефендер - не знаю. Аддон от макса, очень неплохой, но старый, поэтому лучше его вручнцю отшлифовать и довести до акуального состояния. Я например, сделал именно так.

е) WinXP Home - что можно сделать, чтобы расширить функциональность добавив: а) сохранение паролей доступа к другим компам; б) возможность изменить сетевую рабочую группу ???

Читай тему твиков реестра, может там и есть. А делать свалку "все в одном" в одной теме, по-меньшей мере некрасиво перед модераторами, которым потом все это придется расчищать и разносить по соответсвующим темам.

Удачи