[xoxmodav]

Я с подобным не сталкивался, но могу задать пару вопросов и дать несколько советов:

1. Напиши конфигурацию сервера и версию операционной системы, версию Service Pack
2. Какие сервисы и службы крутятся на этом сервере?
3. Попробуй вынести хранение зон DNS-сервера из Active Directory, для этого зайди в оснастку DNS-сервера, открой свойства зоны company.domen.ru и в открывшихся свойствах нажми на кнопку "Изменить" напротив надписи "Тип зоны" и сними галочку "Хранить зону в Active Directory...". Перезагрузись, посмотри журнал ошибок
4. Если всё нормально - внеси обратно зону в Active Directory и посмотри реакцию системы после перезагрузки