[WildNP]

Нижеследующее ИМХО, и проверено на собственном опыте!
Я при захвате делаю основным аудиопоток.
Потом через скрипт ависинта перекодирую в Canopus Procoder 2 (там есть грамотные настройки по этому поводу), почитайте хелп.
Скрипт вида (фильтры шума подбираются "по вкусу", могу выложить полный набор применённого, если надо):

EnsureVBRMP3Sync()
ConvertFPS(last,25)


Ещё можно в VD сделать пердварительно конвертацию fps c сохраннением в безпотерьный формат.
---
Такие действия помогали при жуткой рассинхронизации при захвате с VHS кассеты (Mainconcept DV видео кодек, PCM аудио, загрузка проца - 40%, раздел дефрагментирован).
Кассета была уж очень некачественной.
---

Собственно, можно и "растягивать-сжимать" (Time Stretch) аудио, но в данном методе это не нужно (основной поток-аудио), да и подбирать время уж очень запарно, тем более возиться с вырезанием кусков.
---
Основная проблема, конечно была в том, что после обычного перекодирования (в MPEG2) был рассинхрон, а видео нужно было ещё обрезать и фильтрами обработать в обязательном порядке, так что захватывать в MPEG2 резона не было.