[brag]

я тоже все с нуля делаю,и ненужное-лишнее,суидное удаляется/правится скриптом,и он же статистику выводит, что в системе изменилось.
тк у меня на домашней машине куча jail-ов,то они тоже выгружаются с базовой системы скриптами.
конфы практически не меняются,разве что правка ихних rc. надо будет грамотно патчи поклепать.
и всегда в бекапе храню историю за каждый день в течении максимум месяца. и дерево храню(где какие файлы лежат и с какими правами).и скрипт сравнивает то что стало после апдейта,и то, что было до.