[GrandCat]

Имеем - рабочую систему и два диска, к примеру С: и D:
Задача - переустановить систему.
Загружаемся с СД, удаляем раздел 1, диск С:. Получаем неразмеченную область.
Далее создаем раздел, но он уже именуется раздел 3. Устанавливаем на него систему.
По всей видимости системным становится самый младший раздел, бывший диск D, на нем и размещаются boot.ini, ntldr и пр.
Выходом является установка системы в другой каталог, без удаления первого раздела, но хочется всё с чистого листа