MS SMS конечно круто, но он большой и страшный

как вариант управляемое ПО на основе msi 0 можно устанавливать через груповые политики, сдалеть дистрибутив в виде msi моно с помошью wininstall или admin studio
работает на ура, так софт и ставлю, нужно только один раз поставить на чистой машине и проги соберут изменения, а потом уже постоят msi