[Petya V4sechkin]

Nekofe

Пишу из ... основной ОС :-)

Слава всевышнему :)
Тогда отметьте тему решенной, плиз.

Загрузил куст system и там просто удалил \DosDevices\D:

Ну и ладненько. Как говорится - не мытьем, так катанием :)
Хотя было бы любопытно взглянуть на скриншот раздела SYSTEM\MountedDevices основной системы (в том виде, в каком он сейчас).

Но хотелось бы разобраться все равно. Файл boot.ini так и остался на диске Х. Следовательно, загрузочная область для основной системы осталась именно там. Это все равно не устраивает.

Не трогайте диск X :)

Это вообще не понял. Что такое номер 3е?

В разделе MountedDevices каждому параметру \DosDevices\?: соответствует бинарное значение (однозначно идентифицирующее диск). Например, для диска E у вас "18 0c 18 0c 00 de ...".
Для всех логических дисков вашего винчестера первые 5 байт совпадают. А с 6-го байта начинаются отличия. Вот этот 6-й байт я и использовал, чтобы сопоставить (соотнести) буквы дисков из основной и резервной системы.