Поступай консоль таким образом (запуск от имени администратора):
%SystemRoot%\System32\runas.exe /noprofile /user:USERNAME "cmd"
Где USERNAME может быть именем учетной записи администратора - Administrator
После запуска тебе будет предложено ввести пароль администратора (вводимые символы отображаться не будут)
После ввода пароля запуститься консоль в админском режиме где ты можешь попробовать запустить chkdsk...
