[Barracuda]

вообще у mysql есть стартовый скрипт и там, вроде как, есть такой параметр, как --character-set-server==
Во Фрях (те, что 5х и выше), можно воткнуть его в rc.conf под именем mysqld_args="--character-set-server=cp1251"

Код:

man mysqld(1):
...
--character-set-server=charset_name
          Use charset_name as the default server character set. This option is
          available as of MySQL 4.1.3. See Section 8.1, "The Character Set
          Used for Data and Sorting".
...
--default-character-set=
          Use charset_name as the default character set. This option is
          deprecated in favor of --character-set-server as of MySQL 4.1.3. See
          Section 8.1, "The Character Set Used for Data and Sorting".
...

Это для 4.1, но для 3.х что-то подобное тоже есть.
[mzd]
Статья так себе... Про права и кодировку говорится в доках. А вообще - надо движки делать толковые и понимать механизм работы. Ставим в движок (прога на перле, сайт) соответствующий SET NAMES и не имеем головной боли.