[Vadikan]

проблему с работой любых ДОС - приложений! При попытке их запуска (хотя бы того же cmd.exe)

Как уже было замечено выше, cmd.exe - не DOS приложение. Думаю, вам нужно конкретнее указать, в каких случаях возникает ошибка.

система начинает орать, что Ваш файл config.nt (или autoexec.nt) неправильный, не поддерживает... и т.д.

Точный текст сообщения об ошибке приведите и в журнале посмотрите (инструкции.)