[Petya V4sechkin]

При попытке их запуска (хотя бы того же cmd.exe) система начинает орать, что Ваш файл config.nt (или autoexec.nt) неправильный, не поддерживает... и т.д.

cmd.exe не DOS-приложение.

Вопрос (на всякий случай) - в папке system32 файл command.com есть? Он такой же, как в "нормальной" системе? Проверьте, чтобы он был только в system32 и нигде более. Файлы autoexec.nt и config.nt тоже должны быть в

Пробуйте все рекомендации из статьи:
Устранение неполадок в программах для MS-DOS, работающих под управлением Windows XP

Твиками реестра не балуетесь? Случайно не применяли что-то типа "disable 8.3 file name creation for the NTFS file system"? Путь к переменным %TEMP% и %TMP% какой?

Все, устал советовать :)
Вот вам результаты поиска и еще результаты, ищите.