[ruslandh]

Одну закономерность заметил - проблемные юзеры в файле /etc/passwd имеют строку .... /bin/sh. Беспроблемные .... /bin/bash

беспроблемные - обычные пользователи, проблемные - пользователи ftp или что-то в этом роде.
Посмотрите настройки ftp и т.п.

Дистрибутив Linux 2.4.20-alt5-up.

Это альтовское ядро, а не дистрибутив - дистрибутив - это (может-быть) Мастер 2.0 или 2.2

Можно вручную создать папки /etc/tcb/<username>? .....

сиcтему сломать хотите ?
Может userdrake вам поможет ? Но в первую очередь надо разобраться с виртуальными пользователями - зачем они созданы, для какой службы и т.п. (мне кажется это ftp-пользователи).