[ruslandh]

1 Sata в Linux использует тот-же механизм, что и SCSI, а режим работы с SCSI устройствами не предпологает изминения режима доступа к дискам - просто выбирается при активации интерфейса самый быстрый режим, лог этого выбора можно найти в /var/log/dmesg .
2 Анализируя dmeasg сразу после загрузки (соответствуют файлу /var/log/dmesg) можно узнать из-за чего происходят тормоза (если это проблемы железа, а не настройки демонов).
Возможно слишком свежееее ядро, сам с сталкивался с аналогичными проблемами на ядрах старше 2.6.17 (в ядре как раз поменяли алгоритм работы модулей SATA и использование в нём irqpoll) https://bugzilla.altlinux.org/show_bug.cgi?id=10714