Выполняешь в консоли
Код:

sudo gedit /etc/X11/xorg.conf
Ищешь секцию
Section "InputDevice"
Identifier "Generic Keyboard"
Driver "kbd"
Option "CoreKeyboard"
Option "XkbRules" "xorg"
Option "XkbModel" "pc105"
Option "XkbLayout" "us,ru"
Option "XkbOptions" "grp:alt_shift_toggle,lv3:ralt_switch,grp_led:scroll"
Option "XkbVariant" ",winkeys"
EndSection
Меняешь свои настройки на выделенное жирным, перезагружаешь X, пользуешься.